多年来, 国内外化学界和医药界对前述HA药理活性原理（即“构效关系”）进行了研究, 但多数是推断性的，一般还没有直接证据。大致有以下5种假说：
1、HA、FA本身的多酚-醌结构，或者芳香共轭体系对病原体的相互作用。比如，HA、FA中的水杨酸结构就与非甾体药物（NSAID）结构相似。邻-苯二酚或对-苯二酚又是抗病毒的有效分子结构，而黄酮、类黄酮、阿魏酸等都是众所周知的抗毒、抗氧化和免疫药物，这些成分和结构在HA、FA中都大量存在。
2、HA、FA中的或者与其共生的某些类固醇物质的生理活性和抗生功能，包括三萜醇（有和作用）、无羁萜、雌醇（酮）、β-谷甾醇（有防治血管硬化、降低血液胆固醇和制造雄性激素的作用），以及抗皮炎素、含氮化合物、各种维生素、VB6吡哆醇以及苄星青霉素等素，腐植酸类物质中也或多或少存在着。
3、可能存在未知的特殊抗病物质或活性结构。如与FA结构相近的绿原酸、农胆酸（均为常规药物），其生理、药理活性有显著相关性；从中药阿胶中提取出的“生物酸A”与精制的煤炭FA的化学结构也有惊人的相似之处。
4、激素和酶理论。认为FA本身就是类雌激素，并有刺激雄性激素的作用，这是妇科病的理论依据；认为FA是酶的激活或抑制剂；FA还对过氧化氢酶等有抑制作用。
5、自由基清除理论。FA能产生高度反应性的瞬时自由基或前体敏感剂，包括溶剂化电子（e-aq）、单线态氧（1O2）、过氧化阳离子（O-2•）、激发态腐植酸自由基（HA•）等，它们不仅可有效地清除环境中的HO•，而且也是动物和人体内HO•的有效清除剂。这一理论在保护生物细胞膜成分、防治临床缺血性疾病和组织损伤的临床应用中得到初步证实，也是FA作为抗氧化、抗衰老的保健食品的理论依据。
上述假说都从不同角度解释了FA的医药、保健应用机理，但不能把它们看作孤立的东西，更不能认为哪个说法是真理，只能在今后的长期实践中判别、检验、提炼和不断矫正。
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